我在手机店租了一部手机，他让我交4000元首付

您提到已交的4000元首付未被计入总租金9000元内，这可能构成不公平交易。《民法典》第五百七十七条规定，当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。若租赁合同明确首付应计入总租金而对方未履行，则对方违反了合同约定，您可依法追究其违约责任。建议检查租赁合同条款，明确双方权利义务。
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从法律角度，保护您的权益可做到以下几点：1.保留好租赁合同、首付收据等相关证据；2.及时与对方沟通，书面记录沟通过程；3.若对方违约，可依据《民法典》等相关法律规定，向法院起诉要求对方履行合同或赔偿损失；4.咨询专业律师，获取更具体的法律建议。
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若您想通过法律途径解决租金支付纠纷，可尝试以下步骤：1.与对方协商，明确首付应计入总租金的要求；2.若协商无果，可寻求消费者协会或相关行政部门的调解；3.调解不成时，根据租赁合同中的仲裁条款申请仲裁，或直接向法院提起诉讼。